事件は2013年12月19日午前5時40分頃、京都市山科区西野山射庭ノ上町の「王将フードサービス」本社前で起きた。大東氏は通常と同じように、本社の約1.5km北東にある山科区西野大鳥井町の自宅から、黒い社有車を自ら運転して出発した。そして7分後、本社とは道路一本隔てた北側にある従業員専用の駐車場に着き、車から降りた直後に、その惨劇は起きた。突然、何者かが大東氏に駆け寄り、至近距離から拳銃を4発発射したのだ。傷の状態などから大東氏は立った状態で、ほぼ正面から撃たれたことが分かっている。発射された銃弾は大東氏の右胸に2発、左脇腹に2発とすべて命中した。駐車場に倒れている大東氏を発見したのは、早番で出勤してきた男性社員で、銃撃から1時間15分も経った午前7時頃のことであった。

捜査本部が真っ先に調べたのが、犯行現場となった「王将」の駐車場から道路を挟んで南側にある別の梱包会社の倉庫に設置された防犯カメラであった。本社前カメラの映像解析によると、大東氏の車はいつも通り、駐車場内を時計回りに大きく旋回し、自分の”指定席”となっている南東側スペースに北側から乗り入れて停車した。そして、その数秒後には、駐車場のすぐ東側に立っている、「王将」が倉庫として使用している別棟社屋の前を東側から西側に向かって横切るように歩き、事件現場方向に接近する人影が映っていた。これは別棟倉庫の出入り口付近の上部に、人間が近付くと感知して光るセンサー付のライトが設置されていて、本社前カメラにその点灯した光が映っていたため確認できたのだ。周囲がまだ真っ暗なうえ、画像が粗くて不鮮明だったため、横切った人物の顔かたちまではわからなかったものの、あまり背が高くなくて細身とみられる体格の人物のシルエットをはっきりととらえていた。その直後、本社前カメラは発砲の際に出たと思われる複数の閃光をキャッチ。数十秒後には前出の人物と背格好がよく似た人影が、今度は別棟倉庫前を西から東に横切り、通路方面に戻っていった。

大東氏の胸や腹という致命傷になる部位を選んで銃撃しており、大東氏の殺害が目的であることは明白だが、それにしても不可解なことが２点ある。１点目は使用した拳銃の種類である。犯行現場に残された薬莢などから、使われた銃器が25口径自動式拳銃であることが判明している。25口径拳銃(内径は6ミリしかない)は小型で持ち運びには便利だし、火薬量が少ないため発射音は小さく、発射時の反動が小さい。そのため、非力な人間でも使いやすいなどの利点があるが、その一方で殺傷能力や命中率は38口径と比較して低くなっている。
　第2の疑問点は弾丸を撃ち込んだ部位である。プロの殺し屋は標的に対して短時間で確実に致命傷を与えるため、一発目は頭部に打ち込むケースが多い。そのあとで時間とか弾丸に余裕があれば、あるいは相手に何か意図するところがあれば、他の部位を撃つこともある。が、王将事件の実行犯は4発連射した後、弾倉にはまだ数発残っているはずなのに撃つのを止めており、中途半端な銃撃と言わざるを得ない。大東氏は撃たれてから15分ほどは息があったとの記録が、解剖所見に残っている。社長個人か、または「王将」への怨恨か、それとも会社を脅して多額のカネを得ることが目的だったのか－。
わが国で「拳銃」と言えば、その売買や密輸、密造などに暴力団が絡んでいるケースがほとんどである。いくらインターネットが普及し、何でも買える時代が来たとはいえ、さすがに拳銃だけは簡単には入手できない。現在、日本国内で暴力団構成員が所有する拳銃は5万丁から6万丁に上ると言われ、全国の暴力団構成員(13年末で58,000人余、準構成員を含む)が一人一丁所持するほどの拳銃があるとされている。
國松孝次・警察庁長官狙撃事件が発生した1995年には、各都道府県警で集中的な取り締まり・パトロールを実施したにもかかわらず、年間の拳銃押収量が1880丁しかなかったというから、いかに野放し状態になっていたが分かるだろう。ただ、拳銃押収量は減少傾向にあり、13年に全国で押収された量はわずか471丁で、最も多かった95年の3割弱しかなかった。拳銃摘発の実態は、警察・暴力団とも公には否定しているあ、警察当局の圧力で暴力団側が拳銃の隠し場所を教えるなどして”差し出してきたケース”が多く、そこには双方のいわば「持ちつ持たれつの関係」が存在していたという。しかし、警察側が暴力団の協力で拳銃を押収したように見せかけて「点数稼ぎ」をしたり、その見返りとして捜査情報を暴力団側に流し、入手した拳銃を密売するなどの不祥事が一部の警察で発覚し、市民から厳しい批判を浴びた。
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