追いつめられるアル＝カイーダ

ターリバーン政権が瞬く間に崩壊していく中で、アル＝カイーダも主要な人員を失った。ビン・ラーディンの側近で主要な宣伝ビデオにもしばしば顔を出していたムハンマド・アーティフなどが、この時に死亡している。2001年11月17日以降には、アル＝カイーダはターリバーン勢力の一部を含む1000人程度の軍勢とともに、アフガニスタン東部トラ・ボラ(Tora Bora)の洞窟に立てこもった。トラ・ボラは国境地帯に位置し、ハイバル峠を越えればパキスタンの連邦直轄部族地域(FATA)に至る。そして国境に横たわる「白山脈」には洞窟が連なる。米軍はトラ・ボラに集中的な空爆を行い、アフガニスタンの地元勢力が、地上での掃討作戦を担った。12月16日までにすべての洞窟を制圧し、200人のアル＝カイーダあるいはターリバーン兵の死体が見つかったという。
このような大規模な軍事作戦にもかかわらず、ビン・ラーディンは忽然と姿を消した。トラ・ボラの攻撃を逃げ延びたことで、ビン・ラーディンは伝説となった。10年後の2011年5月2日に殺害されるまで、ビン・ラーディン自身が公の場に出たことはない。ビデオや音声のメッセージでその姿や発言が伝えられるのみだった。トラ・ボラの戦闘の後、ビン・ラーディンは直接の司令官というよりは、象徴的な指導者として、アイコンとして機能するようになったのである。取り残されたアル＝カイーダのジハード戦士(ムジャーヒディーン)たちは、南部のバクティア県のシャーイコート渓谷(Shah-i-Kot Valley)に結集した。これに対して2002年3月1日から18日かけて行われたアナコンダ作戦は、アフガニスタン戦争での最大規模の戦闘といわれる。この段階になって、米軍の通常部隊が参加した。それまで地上戦は、主に特殊部隊によって担われていた。